“十三五”期间，云南省将进一步开展突出问题综合治理，并建立药品溯源系统，力争到2020年，主要监测合格率稳定在97％以上，药品安全评价性抽验总体合格率稳定在97％以上。
按照规划，云南省将开展“餐桌污染”源头治理、食品生产经营专项整治、旅游景区、重点场所、重要节点、校园及周边食品安全专项整治等九项综合治理工程，确保群众的食品药品安全。
规划指出，云南省将深入排查、严肃查处违规使用禁用农药兽药、滥用抗生素和制售假劣农资等突出违法违规行为；严厉打击食品非法添加、制假售假、使用回收食品原料生产加工食品、生产经营未经检验检疫肉类食品等突出问题。
云南省还将建立食品药品溯源管理系统，到“十三五”末，基本实现对猪肉、蔬菜、茶叶等重点大宗农产品质量安全可追溯管理，对婴幼儿配方乳粉、保健食品、白酒、食用油等高风险食品实现全程电子追溯。